第一条 为规范水功能区的管理，加强水资源管理和保护，保障水资源的可持续利用，依据《中华人民共和国水法》等有关法律、法规，制定本办法。
　　第二条 本办法适用于全国江河、湖泊、水库、运河、渠道等地表水体。
　　本办法所称水功能区，是指为满足水资源合理开发和有效保护的需求，根据水资源的自然条件、功能要求、开发利用现状，按照流域综合规划、水资源保护规划和经济社会发展要求，在相应水域按其主导功能划定并执行相应质量标准的特定区域。
　　本办法所称水功能区划，是指水功能区划分工作的成果，其内容应包括水功能区名称、范围、现状水质、功能及保护目标等。
　　
　　第三条 水功能区分为水功能一级区和水功能二级区。
　　水功能一级区分为保护区、缓冲区、开发利用区和保留区四类。
　　水功能二级区在水功能一级区划定的开发利用区中划分，分为饮用水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区和排污控制区七类。
　　第四条 国务院水行政主管部门负责组织全国水功能区的划分，并制订《水功能区划分技术导则》。
　　长江、黄河、淮河、海河、珠江、松辽、太湖七大流域管理机构（以下简称流域管理机构）会同有关省、自治区、直辖市水行政主管部门负责国家确定的重要江河、湖泊以及跨省、自治区、直辖市的其他江河、湖泊的水功能一级区的划分，并按照有关权限负责直管河段水功能二级区的划分。
　　前款规定以外的水功能二级区和其他江河、湖泊等地表水体的水功能区，由县级以上地方人民政府水行政主管部门组织划分。
　　第五条 长江、黄河、淮河、海河、珠江、松辽、太湖七大流域以及跨省、自治区、直辖市的其他江河、湖泊的水功能区划，由国务院水行政主管部门审核后，编制形成全国水功能区划，经征求国务院有关部门和有关省、自治区、直辖市人民政府意见后报国务院批准。
　　县级以上地方人民政府水行政主管部门，应在上一级水功能区划的基础上组织编制本地区的水功能区划，经征求同级人民政府有关部门意见后，报同级人民政府批准，并报上一级水行政主管部门备案。 
　　第六条 经批准的水功能区划是水资源开发、利用和保护的依据。
　　水功能区划经批准后不得擅自变更。社会经济条件和水资源开发利用条件发生重大变化，需要对水功能区划进行调整时，县级以上人民政府水行政主管部门应组织科学论证，提出水功能区划调整方案，报原批准机关审查批准。
　　第七条 国务院水行政主管部门对全国水功能区实施统一监督管理。 
　　县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构按各自管辖范围及管理权限，对水功能区进行监督管理。具体范围及权限的划分由国务院水行政主管部门另行规定。
　　取水许可管理、河道管理范围内建设项目管理、入河排污口管理等法律法规已明确的行政审批事项，县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应结合水功能区的要求，按照现行审批权限划分的有关规定分别进行管理。
　　第八条 经批准的水功能区划应向社会公告。县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应按管辖范围在水功能区的边界设立明显标志。标志式样由国务院水行政主管部门统一制定，并负责监制。
　　第九条 水功能区的管理应执行水功能区划确定的保护目标。
　　保护区禁止进行不利于功能保护的活动，同时应遵守现行法律法规的规定。
　　保留区作为今后开发利用预留的水域，原则上应维持现状。
　　在缓冲区内进行对水资源的质和量有较大影响的活动，必须按有关规定，经有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构批准。
　　开发利用活动，不得影响开发利用区及相邻水功能区的使用功能。具体水质目标按水功能二级区划分类分别执行相应的水质标准。
　　第十条 国务院水行政主管部门定期对水功能区的水资源开发利用状况、水资源保护情况进行检查和考核，并公布结果。
　　第十一条 县级以上地方人民政府水行政主管部门或流域管理机构应当按照水功能区对水质的要求和水体的自然净化能力，审核该水域的纳污能力，向环境保护行政主管部门提出该水域的限制排污总量意见，同时抄报同级人民政府和上级水行政主管部门。
　　经审定的水域纳污能力和限制排污总量意见是县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构对水资源保护实施监督管理以及协同环境保护行政主管部门对水污染防治实施监督管理的基本依据。
　　第十二条 县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应组织对水功能区的水量、水质状况进行统一监测，建立水功能区管理信息系统，并定期公布水功能区质量状况。发现重点污染物排放总量超过控制指标的，或者水功能区水质未达到要求的，应当及时报告有关人民政府采取治理措施，并向环境保护行政主管部门通报。
　　第十三条 新建、改建、扩建的建设项目，进行可能对水功能区有影响的取水、河道管理范围内建设等活动的，建设单位在向有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构提交的水资源论证报告书或申请文件中，应分析建设项目施工和运行期间对水功能区水质、水量的影响。
　　第十四条 县级以上地方人民政府水行政主管部门或流域管理机构应对水功能区内已经设置的入河排污口情况进行调查。入河排污口设置单位，应向有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构登记。水行政主管部门或流域管理机构应按照水功能区保护目标和水资源保护规划要求，编制入河排污口整治规划，并组织实施。
　　新建、改建或者扩大入河排污口的，排污口设置单位应征得有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构同意。
　　第十五条 县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应当按照有关规定对进行取水、河道管理范围内建设、以及新建、改建或者扩大入河排污口的单位进行现场检查。被检查单位应当如实反映情况，并提供必要的资料。检查机关有责任为被检查单位保守技术秘密和业务秘密。
　　第十六条 县级以上地方人民政府水行政主管部门或流域管理机构的工作人员在水功能区管理工作中玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊的，由其所在单位或者上级机关给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
　　第十七条 各省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门和流域管理机构，可以根据本办法的规定，结合本地区或本流域的实际情况，制定具体实施细则。
　　第十八条 本办法由国务院水行政主管部门负责解释。
　　第十九条 本办法自2003年7月1日起施行。